মেসেঞ্জারের end to end encryption হল একটি নিরাপত্তা বৈশিষ্ট্য যা আপনার বার্তা এবং কলগুলিকে এমনভাবে সুরক্ষিত করে যে শুধুমাত্র আপনি এবং যার সাথে আপনি কথা বলছেন সে ছাড়া অন্য কেউ এগুলি দেখতে বা শুনতে পারবে না। আপনার ডিভাইস থেকে বার্তা পাঠানোর সময় থেকে যখন তা গ্রহণকারীর ডিভাইসে পৌঁছায়, তখন পর্যন্ত বার্তার সামগ্রী সুরক্ষিত থাকে। অর্থাৎ তৃতীয় পক্ষ, এমনকি মেটা (ফেসবুকের নতুন নাম) নিজেও আপনার বার্তাগুলি দেখতে বা শুনতে পারবে না।
যখন আপনি এন্ড-টু-এন্ড এনক্রিপটেড কথোপকথনে একটি বার্তা পাঠান, আপনার ডিভাইস বার্তাটি পাঠানোর সময় তা লক করে দেয়। এই বার্তাটি কেবল সেই ডিভাইস দ্বারা আনলক করা যাবে যার কাছে সেই কথোপকথনের জন্য একটি পিনকোড আছে। পিনকোডের অধিকারী ব্যক্তি ছাড়া কেউ আপনার বার্তা বা কলগুলিতে প্রবেশ করতে পারবে না।